bash - bash循环遍历的文件内容?

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如何使用 Bash 循环遍历文本文件的每一行?

使用这里脚本


echo"Start!"
for p in (peptides.txt)
do
 echo"${p}"
done

我在屏幕上得到了这个输出:


Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'

( 稍后我想做一些更复杂的$p,而不仅仅是输出到屏幕。)


环境变量SHELL是( 来自环境):

 
SHELL=/bin/bash

 

"/bin/bash --version"输出:


GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.

"cat/proc/version" 输出:


Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006

文件 peptides.txt 包含:


RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL

时间:

正确的语法是:


while read p; do
 echo $p
done <peptides.txt


特别地,如果循环体可以从标准输入列表中读取,你可以使用不同的文件描述符打开文件:


while read -u 10 p; do
. . .
done 10<peptides.txt

这里,10只是一个任意数字( 不同于 0,1,2 ) 。

选项 1: - loop循环: 一次一行: 输入重定向


#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
echo Start
while read p; do 
 echo $p
done <$filename

选项 1:,循环: 一次一行:
打开文件,从文件描述符读取( 在本例中为文件描述符 #4).


#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
exec 4<$filename
echo Start
while read -u4 p ; do
 echo $p
done

选项 2: 循环的: 将文件读入单个变量并解析。
这里语法将基于标记之间的空格解析"线条"。 这仍然有效,因为给定的输入文件行是单个工作符号。 如果每行有多个标记,那么这个方法就不能正常工作。 此外,将完整文件读入单个变量对于大文件来说不是一个好策略。


#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
filelines=`cat $filename`
echo Start
for line in $filelines ; do
 echo $line
done

这并不比其他的答案,但一个完成工作的方法在文件( 查看评论) 没有空间。 我发现我经常需要one-liners来遍历文本文件中的列表,而不用使用单独的脚本文件。


for word in $(cat peptides.txt); do echo $word; done

这种格式允许我把它放在一个command-line中。 将"echo $word" 部分更改为你想要的内容,然后你可以发出多个用分号分隔的命令。 下面的示例将文件的内容用作其他两个脚本的参数。


for word in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $word; cmd_b.py $word; done

或者,如果打算像流编辑器( 学习 sed ) 那样使用它,你可以将输出转储到另一个文件,如下所示。


for word in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $word; cmd_b.py $word; done> outfile.txt

我用这些正如上面写的,因为我用文本文件,我已经创建了每行一个单词。 ( 查看注释) 如果你有空格,但你不想拆分字词/线条,它会变得有点难看,但同样的命令仍然可以使用:


OLDIFS=$IFS; IFS=$'n'; for line in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $line; cmd_b.py $line; done> outfile.txt; IFS=$OLDIFS

这只是告诉shell在换行符上拆分,而不是空格,然后返回回到原来的位置。 现在,你可能想考虑把它全部放入一个shell脚本中,而不是把它全部压缩成一行。

祝你好运!

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